Bij een loting kunnen (conform de kernprocedure) voorrangsregels toegepast worden. Voor alle voorrangsregels geldt dat zij uitsluitend van toepassing zijn in de 1e ronde van de kernprocedure. De uiteindelijke toepassing van (één van de) voorrangsregels is een individuele keuze van het schoolbestuur. Verder geldt dat een VO-school een bepaalde voorrangsregel moet opnemen bij de informatie over de school in de Amsterdamse Keuzegids voortgezet onderwijs.

De volgende voorrangsregels zijn mogelijk:

• voorrang voor broertjes en zusjes van zittende leerlingen;
  
• voorrang voor leerlingen van verwante vormen van onderwijs (Montessori, Dalton, Vrije School e.d.);
  
• voorrang voor kinderen van personeel;
  
• voorrang voor leerlingen die een bewuste keuze hebben gemaakt voor de school op basis van levensbeschouwing;
  
• voorrangsregels laten gelden tot een zeker moment in de aanmeldingsperiode.

Hardheidsclausule
Ook mag een school (maximaal 2%) leerlingen om zwaarwegende sociale of medische omstandigheden met voorrang toelaten, bijvoorbeeld leerlingen met een rugzak, dit wordt ook wel de 'hardheidsclausule' genoemd.

Geen gewogen loting
Een 'gewogen loting' waarbij leerlingen met de hoogste cijfers meer kans maken, zoals in het Hoger Onderwijs gebruikelijk is bij 'numerus fixus' opleidingen, is niet toegestaan.