De Citotoets is een leervorderingentoets: de toets meet wat een kind in vergelijking met andere kinderen in acht jaar basisonderwijs geleerd heeft. Daarbij komen een aantal eigenschappen tot uiting die belangrijk zijn voor toekomstig schoolsucces zoals leertempo, intelligentie, concentratie, motivatie en doorzettingsvermogen. Intelligentie speelt dus wel een rol maar het zijn de leervorderingen die worden gemeten.

Twee voorbeelden:

• Een kind dat heel intelligent is, maar snel afgeleid, steekt van acht jaar basisonderwijs minder op dan een kind dat even intelligent is en zich ook nog goed kan concentreren. Het verschil tussen deze kinderen komt naar voren in de score op de Citotoets.
  
• Datzelfde geldt voor een kind dat moeite heeft met leren, maar wel heel erg zijn best doet en een echte doorbijter is. Dit kind steekt van acht jaar basisonderwijs waarschijnlijk meer op dan een kind dat evenveel moeite heeft met leren maar erg snel afgeleid en minder gemotiveerd is.

Overigens wilde Cito al in 1976 vermijden dat de Eindtoets wordt opgevat als een IQ-test (intelligentietest) en wordt mede daarom de citoscore uitgedrukt in een schaal van 501 tot 550 punten in plaats van een score van gemiddeld 100 punten die bij IQ-testen gangbaar is.